Sanger & Next-Generation-Sequenzierung
Durch die Next-Generation-Sequenzierung (NGS) wurde die Forschung im Bereich der Molekularbiologie und der Genomik revolutioniert.
Ein Zugang zu dieser modernen Sequenzierungstechnologie ist daher für in diesen Forschungsgebieten arbeitende Gruppen oft erforderlich, steht aber nicht überall direkt zur Verfügung.
Die Servicegruppe bietet daher ihre Expertise hierzu als Service für FBN-interne und -externe Kollaborationen im Bereich der funktionellen Genomanalyse an. Des Weiteren werden von uns auf Anfrage spezifische methodische Protokolle für NGS-Projekte und Fragestellungen zur funktionellen Genomanalyse landwirtschaftlicher Nutztiere entwickelt.
Unser NGS-Sequenzierer HiSeq2500 von Illumina arbeitet mit einer Hochdurchsatz-Flowcell aus 8 Lanes und generiert hierbei bis zu 280 Millionen single-end oder paired-end Reads per Lane. Wir bieten die Sequenzierung von DNA, RNA sowie des mikrobiellen 16s-Metagenoms an. Unser Service erstreckt sich auf folgende etablierte Sequenzierungsmethoden:
- RNA-Seq (Gesamt-RNA, mRNA, Depletionsprotokolle)
- miRNA-Seq
- ChIP-Seq
- DNA methylation sequencing (RRBS und WGBS)
- 16S/18S-Seq metagenome
Die Be- und Verarbeitung von NGS-Daten beinhaltet für uns standardmäßig die Probenvorbereitung, die Vorbereitung der DNA-Libraries, die Next-Generation-Sequenzierung selbst sowie die bioinformatische Unterstützung bei der Auswertung sämtlicher erhobener Daten.
Zusätzlich bieten wir eine Sanger-Sequenzierung als Ergänzung zur holistischen NGS-Sequenzierung an. Routinemäßig werden dafür bearbeitet:
- PCR-Produkte
- Rekombinante Vektor-DNA
