Project
Programmierte Herzschrittmacherzellen zur in vitro Medikamententestung (iRhythmics)
Contact: PD Dr. Andreas Höflich, PD Dr. Tom Goldammer
Duration: 2018-2022
Funding: Gesundheitsforschungs-/Exzellenzforschungsprogramm des Landes Mecklenburg-Vorpommern
Abstract:
Im Projektbeitrag der Abteilungen Fischgenetik und Signaltransduktion (Institut 3.0 am FBN Dummerstorf) sollen die Signalwege und Mechanismen identifiziert werden, die in murinen und humanen Kardiomyozyten unter der Kontrolle der Programmierungsfaktoren Tbx3, Tbx18 und Shox2 im Verlauf der Differenzierung zu Schrittmacherzellen verändert sind. Für die Differenzierungsstudie werden die Programmierungsfaktoren einzeln und gemeinsam appliziert und außerdem im zeitlichen Verlauf der Differenzierung getrennt untersucht. Die Gesamtheit der kodierenden und nicht-kodierenden RNA-Transkripte wird durch RNA-Sequenzierung erfasst. Die Zelldifferenzierungsstudie erfolgt in Kooperation mit AG David, AG Pützer (Universität Rostock), und AG Wolkenhauer (Universität Rostock). Aus den differenziellen Effekten der einzelnen und kombinierten Programmierungsfaktoren im etablierten Modell der Transdifferenzierung Arbeitsmyokardzellen und aus den zeitabhängigen Effekten der Faktoren im zeitlichen Ablauf der Differenzierung sollen im Vorfeld Protokolle für die Differenzierung von iPSC in Schrittmacherzellaggregate abgeleitet werden. In der zweiten Projektphase sollen die Ergebnisse der RNA-Seq validiert werden. Die Validierung findet auf RNA- und Protein-Ebene statt. Die Expression zentraler RNA-Moleküle aus der bioinformatischen Modellierung werden mittels Fluidigm HD Technik überprüft (96x96 Real Time PCR Reaktionen). Zusätzlich werden die Proteome von humanen Kardiozyten und Schrittmacherzellen mittels LC-MSn verglichen. Somit können einerseits die Ergebnisse der bioinformatischen Modellierung nach RNA-Seq anhand von Proteomdaten abgeglichen und bewertet oder validiert werden (Transkriptom → Proteomabbildung).