Referenzgenom für Nordafrikanischen Wels vollständig sequenziert

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Die Arbeitsgruppe Fischgenetik um Prof. Tom Goldammer hat erstmalig das Referenzgenom für den Nordafrikanischen Wels vollständig sequenziert. Die daraus entstandene Publikation wurde im Journal Scientific Data des Springer Nature Verlages in der Ausgabe vom 7. Oktober 2024 veröffentlicht.

Das Manuskript ist ebenso frei verfügbar wie die Genomdaten, die die in der Datenbank NCBI abgelegt wurden.

Das haploide Genom besteht aus 28 Chromosomen, die bis hin zu ihren beiden Enden, also von Telomer zu Telomer, vollständig sequenziert und auf denen die Milliarden einzelner DNA-Abschnitte bioinformatisch in ihrer korrekten Anordnung dargestellt wurden. Das Genom besteht aus insgesamt 969,62 Millionen Nukleotidbausteinen. Die Genauigkeit der lückenlosen Genomsequenz beträgt 99,99% oder anders ausgedrückt nur 1 von 10000 Basenpaaren ist möglicherweise nicht korrekt angeordnet. Zum Vergleich: Die Genomsequenz des Menschen ist aktuell mit einer Genauigkeit von 99,999996% angegeben. Im Bereich der sogenannten BUSCO-Analyse, die etwas über die Vollständigkeit und Redundanz der Genomdaten aussagt, steht die Welsgenomsequenz mit einem Wert von 99,2% dem menschlichen Genom mit demselben Wert in nichts nach.

Nach dem Referenzgenom für den Zander (Nguinkal et al. 2019) hat das FBN nun mit dem Afrikanischen Wels für eine weitere wirtschaftlich relevante Fischart, die in Aquakultur gehalten wird, die Grundvoraussetzungen für moderne züchterische Ansätze dieser Fischart geschaffen. Dieses Wissen kann zukünftig dazu beitragen, Tierwohl und Fischhaltung zu verbessen und Emissionen zu verringern. Neben der Kiemenatmung hat der Afrikanische Wels die Möglichkeit entwickelt, Luftsauerstoff zu verwerten. Bemerkenswert ist, dass die 50 dafür verantwortlichen Gene nunmehr bekannt sind und spannende Forschungsansätze zur Evolution dieser physiologischen Besonderheit ermöglichen.

 


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Die AG Fischgenetik am FBN hat das Referenzgenom für den Afrikanischen Wels vollständig sequenziert (c)Goldammer/FBN