Untersucht werden anderem die Auswirkungen von Umweltfaktoren wie Stallbau und Haltungssystem, die betriebliche Organisation sowie die Genetik der eingesetzten Zuchttiere. Darüber hinaus wird erforscht, wie Maßnahmen wie eine ausreichende Eisenversorgung, Impfprogramme, Hygienestandards oder eine gezielte Fütterung die Tiergesundheit beeinflussen können. Die gewonnenen Erkenntnisse sollen in konkrete Handlungsempfehlungen für Praxisbetriebe einfließen.
Neben dem FBN sind die Öko-Beratungsgesellschaft mbH, die Bioland Beratung GmbH und Naturland e.V. als Projektpartner involviert.
Das Projekt wird im Rahmen des Bundesprogramms Ökologischer Landbau (BÖL) durch das Bundesministerium für Ernährung und Landwirtschaft (BMEL) gefördert. ProFerkel ist Teil der BMEL-Bekanntmachung „Verbesserung und Weiterentwicklung nachhaltiger Produktionssysteme in der ökologischen Schweinehaltung“. Mit dieser Initiative will das Ministerium die Tiergesundheit und Nachhaltigkeit in der ökologischen Schweinehaltung stärken sowie die Produktion und Vermarktung in diesem Bereich weiterentwickeln.