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Als Organe des FBN fungieren ein Kuratorium in beschließender Funktion und ein Wissenschaftlicher Beirat in beratender Funktion. Ein hauptamtlicher Vorstand ist zur Leitung eingesetzt.
Grundlage für den interdisziplinären und systemischen Forschungsansatz bildet im FBN die räumlich und inhaltlich konzentrierte Zusammenarbeit leistungsfähiger Abteilungen und Arbeitsgruppen mit hoher Spezialisierung der 6 Institute und der Forschergruppe Funktionelle Genomanalyse.
Das FBN beschäftigt 300 Mitarbeiter. Rund 60 Wissenschaftler aus den Fachdisziplinen Agrarwissenschaften, Biologie, Tiermedizin, Chemie, Physik und Mathematik erforschen gemeinsam die Grundlagen von Genetik, Fortpflanzung, Ernährung, Verhalten, Wachstum und Entwicklung landwirtschaftlicher Nutztiere.
Das Institut verfügt über eine Grundstücksfläche von etwa 200.000 m2. Den Mitarbeitern stehen rund 4.000 m2 für Büro- und Arbeitsräume sowie circa 4.900 m2 für Labore zur Verfügung.
Die Verwaltung ist mit den drei Hauptsachgebieten „Allgemeine Verwaltung und Personal“, „Haushalt und Beschaffung“ sowie „Liegenschaften und Bau“ aufgabengerecht strukturiert und ausgestattet.
Als besondere Struktureinheit unterstützt der Bereich „Wissenschaftsorganisation und -service“ mit den Gruppen „Qualitätsmanagement“, „Wissenschaftsorganisation und -transfer/PR“, „Tierexperimentelle Anlagen“, „Informationstechnologie“, „Wissenschaftsdokumentation“ (inkl. Bibliothek) und „Institutstierarzt“ die Institute und Abteilungen durch die Bereitstellung von Dienstleistungen bzw. die Leitung des FBN im Rahmen des Wissenschaftsmanagements. Entsprechend der vom Bereich bewirtschafteten Ställe und Objekte können 450 Großvieheinheiten als Versuchstiere gehalten werden. Als Alternative zu Tierversuchen werden wo immer möglich In-vitro-Methoden eingesetzt.
Am FBN wird die international renommierte Fachzeitschrift Archiv Tierzucht herausgegeben.