Domestikation ist der Ersatz bzw. die Einschränkung der natürlichen Selektion durch eine künstliche Selektion, die immer an den unterschiedlichen Bedürfnissen des Menschen ausgerichtet war und ist. Im Laufe der Jahrhunderte wurden immer nur die Tiere mit der besten Leistung und damit indirekt der effizientesten oder aber einer spezifischen Stoffwechselleistung zur Fortpflanzung ausgewählt. Da durch die züchterische Selektion Futtermangel oder Feinddruck vermindert bzw. ausgeschlossen wurden, konnte sich die gesamte genetische Variationsbreite innerhalb der Nutztierpopulation grundsätzlich ausprägen. Durch räumliche Trennung und Verfolgung verschiedener Zuchtziele (z.B. Milchleistung und Fleischansatz bei Rindern) kam es zur Herausbildung eines breit gefächerten Spektrums von Nutztierrassen. Dieses und die zusätzlich vorhandene genetische Variationsbreite innerhalb der Haustierpopulationen ist die Grundlage der biologischen Vielfalt. Evolutionäre Mechanismen bei verschiedenen Populationen haben für ähnliche Anforderungen zu alternativen „physiologischen Lösungsstrategien“ geführt, hier als „funktionale Biodiversität“ bezeichnet.

In diesem Programmbereich sollen grundlegende Erkenntnisse über alternative Lösungsstrategien bei der Regulation der Körperfunktionen des Stoffansatzes und -umsatzes gewonnen werden. Kenntnisse darüber sind eine wesentliche Voraussetzung für den Erhalt der funktionalen Biodiversität in unseren Nutztierpopulationen. Weiterhin dienen sie als Grundlage für eine ressourcenschonende und verbraucherorientierte Erzeugung von Lebensmitteln tierischen Ursprungs und der Entwicklung innovativer Verfahren in Züchtung, Fütterung und Haltung. Von besonderem Interesse ist dabei die genetisch und physiologisch determinierte Regulation des Protein- und Energiestoffwechsels, da Protein- und Energieumsatz von zentraler Bedeutung für Muskelwachstum, Adipogenese und Laktation sowie die resultierende Produktqualität sind. Dabei ist der Umsatz von Nährstoffen nicht nur für die Synthese der vom Menschen gewünschten tierischen Produkte (Milch und Fleisch) bedeutsam, sondern liefert auch die notwendige Energie, die diese Synthese im tierischen Organismus erst ermöglicht.

Weiterhin sollen neue Erkenntnisse über die grundlegenden Prozesse der Vererbung und Merkmalsausprägung tierischer Leistungen erarbeitet und populationsgenetische Prozesse in domestizierten Nutztierpopulationen untersucht werden. Dem Erhalt der genetischen Vielfalt unter den Bedingungen der Hochleistungszucht soll dabei besondere Auf-merksamkeit geschenkt werden. Dazu sollen genetisch-statistische und molekular-biologische Ansätze zur umfassenden Analyse funktioneller Netzwerke von Genen und ihrer Bedeutung für die Merkmalsausprägung integriert werden. Die Entwicklung und Prüfung neuer, mehr spezifischer Merkmale, welche die genetischen Steuerungsmechanismen unmittelbarer beschreiben, kann darüber hinaus zur Klärung der molekularen Mechanismen der Merkmalsausprägung beitragen.