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Stuten der Rasse Mecklenburger Warmblut werden hauptsächlich für fortpflanzungsbiologische Untersuchungen gehalten. Untersucht werden Regulationsmechanismen der Follikel- und Eizellentwicklung, der Befruchtung sowie der embryo-maternalen Kommunikation. Zeitweilig erfolgen in Zusammenarbeit mit Forschungspartnern ernährungsphysiologische Untersuchungen.
Im Stutenstall können 14 Stuten in Einzelboxen gehalten werden. Für Versuchsdurchführungen werden 3 Anbindeplätze und eine Behandlungsbox genutzt. Im Fohlenstall können in Doppelboxen 14 weitere Alt- sowie nachgezogene Jungstuten aufgestallt werden.
Den notwendigen täglichen Auslauf erhalten die Stuten in einem stallnahen Sandpaddock, auf dem Abreiteplatz und den vorhandenen Weideflächen. Außerdem erfolgt eine reiterliche Nutzung durch Doktoranden des Institutes und Freizeitreiter. Im Pferdebestand wird ab 2009 erneut mit der Ausbildung von Pferdewirten begonnen.